Межрайонная ИФНС по крупнейшим налогоплательщикам по НСО вынесла Решение №111 согласно которому предприятие было привлечено к налоговой ответственности в сумме 98 712 362 руб. (в т.ч.: недоимка по налогам - 72 124 833 руб., штраф – 14 895 893 руб., пени – 11 691 636 руб.).
Итоговое время проведения выездной проверки №111 с учетом дополнительных мероприятий налогового контроля составило около года. Данная проверка проводилась с многочисленными приостановлениями (4 раза) и возобновлениями. Указанные обстоятельства крайне осложняли осуществление текущей производственной деятельности предприятия.
ОАО "НОК" не согласившись с позицией МИФНС по крупнейшим налогоплательщикам обжаловало в Арбитражный суд Решение №111 от 05.06.2008г.
В ходе судебных разбирательств выяснилось, что не смотря на затяжной характер выездной проверки, МИФНС так и не смогла квалифицированно рассчитать налогооблагаемую базу по налогу на прибыль 2005, 2006гг. Хотя, налоговый орган предпринимал множественные попытки посчитать сколько все-таки по его мнению должно заплатить ОАО "НОК".
В итоге 12.03.2009г. Арбитражный суд Новосибирской области признал недействительным практически в полном объеме Решение №111 от 05.06.2009г. (из 72 124 833 руб. суд признал неправомерным доначисление 71 209 574 руб. и соответствующих штрафов и пени). Неправомерно начисленная сумма претензий составила около 98,7% или 97 427 000 тыс. руб.